班固从窦宪北征匈奴以后，进入窦宪幕府。此时的窦宪，因为平匈奴有功，威名大盛，心腹众多，官员进退都由他一人决定，朝臣震慑，望风希旨。尚书仆射郑寿、乐恢由于招致他的不满，被迫相继自杀。

窦宪的三个弟弟又把持着卫尉、执金吾、光禄勋的要职，窦氏家族还有十几人任城门校尉、将作大匠、少府等。他们在京城无法无天，奴仆肆意强夺民财，侵害百姓，抢夺民女。街市上的店铺害怕窦氏，看到他们，都像逃避强盗一样，紧锁店门，躲避起来。他们大权在握，仍不满足，又想杀死皇帝，夺取最高权力。永元四年(公元92年)，窦宪的爪牙邓叠、女婿郭举等阴谋在宫中杀死和帝。

和帝觉察到他们的阴谋，事先与中常侍郑众定计，把邓叠、郭举等收捕斩首，并将窦宪等人革职，送回封地，窦宪等被迫自杀。班固本来与窦宪案件毫无关系，但在封建时代，一人有罪，株连甚广，班固因与窦宪关系密切而被免职，以后又被冤枉逮入监狱。

当时的洛阳令种兢对班固一家怀有私仇。因为班固平常对子弟管教不严，有的子弟不守法纪，地方官吏感到头痛。

曾有一次，种兢出行，班固的家奴因喝醉酒冲撞了他的车骑，种兢手下官吏对他推搡训斥，家奴迷迷糊糊，口出恶言，种兢大怒，可是畏惧窦宪威势，不敢发作，从此怀恨在心。窦宪案发后，以前窦家的宾客一一被逮捕拷问，种兢借机报复，将班固关进监狱。

在狱吏的拷打折磨下，这位对中国文化史作出杰出贡献的人物竟冤死狱中，卒年61岁。事后，和帝曾下诏谴责种兢公报私仇的恶劣做法，并将害死班固的狱吏处死抵罪。