建文四年（1402年）六月己巳，朱棣在南京奉天殿即皇帝位， 革除建文年号，改当年为洪武三十五年 ，次年为永乐元年（1403年）。从此开始了他二十二年的统治。

《明史·卷五·本纪第五·成祖一》：大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣。丙寅，诸王群臣上表劝进。

《大明太宗文皇帝·实录卷之十》：（洪武三十五年秋七月壬午朔）一今年仍以洪武三十五年为纪，其改明年为永乐元年。

朱棣即位后的首要任务是宣传自己即位的合法性和处置政治反对派。建文四年（1402年），朱棣攻占南京后，开列“奸臣榜”，诛杀了一部分建文朝臣，例如方孝孺及其宗族亲友被杀者八百七十三人，其门生卢原质、郑公智、林嘉猷皆殉难；黄子澄、齐泰等被诛杀灭族，练子宁之死，弃市者一百五十一人，家族被抄没戍远方者又数百人；陈迪之死，远戍者一百八十余人；司中之诛，姻族从死者八十余人；胡闰之死，全家抄提者二百七十人；董镛之死，姻族死戍者二百三十人。与此同时，朱棣并未将“奸臣榜”上的人全部诛杀，如张紞、王钝、郑赐、黄福、尹昌隆等人皆被宽宥任用。

朱棣对待朱标、朱允炆一系和其他藩王的态度也有所改变。改封吴王朱允熥为广泽王，衡王朱允熞怀恩王，徐王朱允