永乐二年（1404年），朱棣在朝廷中讨论立储君问题。当时朝中一批跟随朱棣征战的武将怀着政治投机的态度，见靖难之役中朱高煦立下了赫赫战功，朱棣对其十分喜爱，若被立为太子，军事勋贵集团可能获利更多。因而以淇国公丘福、驸马永春侯王宁为首的靖难之役将领纷纷上书，要求将二皇子朱高煦立为太子。在这批武将的簇拥之下，朱棣对于立朱高炽为太子的决心有所动摇。此时兵部尚书金忠反对立朱高煦为皇太子，并在朱棣面前“历数古嫡警事”，劝说朱棣还是立朱高炽为好。

明成祖又寻求朝臣解缙、黄淮和尹昌隆三人的意见，他们三人都一致支持金忠的看法。黄淮和尹昌隆都主张“立嫡以长”，当朱棣征求解缙意见时，解缙说：“皇长子仁孝，天下归心。”后来又强调“好圣孙！”来打动喜爱孙子朱瞻基的朱棣。

二月，朱棣遣隆平侯张信、驸马永春侯王宁召朱高炽、朱高煦、朱高燧兄弟三人到南京，"册立世子高炽为皇太子；封第二子高煦为汉王；第三子高燧为赵王。并授朱高炽金册、金宝。

朱高炽虽然被正式立为皇太子，但是朱高煦、朱高燧两人并不甘心自己的失败，他们依然和围绕在他们周围的政治力量寻求机会夺取皇太子之位。朱棣注意到朱高煦的情绪，将其其汉王封国设置于云南。为此朱高煦十分不满，多次公开称“我何罪，斥我万里？”朱高煦又以李世民自比，请求天策卫为护卫，并称“唐太宗天策上将，吾得之岂偶然？”，“我英勇，岂不类秦王世民乎？”这些嚣张的言论虽然一时间激起了明成祖朱棣的反感，但出于对其溺爱，并未加以深究。同时，赵王朱高燧也多行不法之事，幸有太子朱高炽在朱棣面前解围，才得以幸免。

当时太子虽立，朱高炽表现并不令朱棣满意。此时朱高煦更受隆宠，礼秩超过了嫡亲标准。解缙上疏劝阻朱棣说：“启争也，不可。”朱棣随即大怒，称解缙是在离间骨肉，对解缙很有意见。永乐八年（1410年），解缙入京奏事，正遇朱棣北征未归，故只好觐谒太子朱高炽而返。于是朱高煦又乘机进诲言说解缙专待皇帝不在京师时私自觐见皇太子朱高炽，无人臣之礼。朱棣大怒，下令将解缙逮捕下狱严刑拷问，以后被处死。

永乐九年（1411年），结束了第一次北伐的朱棣回到南京，向负责辅助朱高炽监国的翰林学士杨士奇等了解这一时期太子实际行政的功过是非。大理寺右丞耿通也多次面奏朱棣称：“太子处理事务没有大的失误，无需更换太子。”多次进言，朱棣不悦。但随着朱高煦与朱高燧的攻击，“由是两王合而间太子，帝颇心动。”

永乐十年（1412年）秋，朱高煦派人诬告耿通“请托故出人罪者”，又暗示耿通是受太子之托而多次在皇帝面前为其开脱。朱棣听到后，联系过去耿通维护皇太子的言论，以及其在永乐七年（1409年），曾经弹劾永乐时期著名的酷吏陈瑛，“刑科右给事中耿通等劾都察院左都御史陈瑛及监察御史袁纲、覃珩朋比蒙蔽，诬构善良，陷之死地。纲、珩己下狱，瑛为长官，不宜独宥，请并治之。”对陈瑛的惩处后来在皇太子朱高炽的处理下得以“其械系之，并具其罪状，诣行在奏请处分。”

成祖此时确认耿通与杨士奇等人结为太子党，勃然大怒，命都察院和文武大臣将耿通鞫之午门，称：“必杀通无赦！”群臣遵照朱棣的旨意议决耿通当斩，明成祖表示：“耿通为东宫关说，坏祖法，离间我父子，不可恕，其置之极刑。”

永乐十二年（1414年）九月，朱棣第二次北征，命黄淮、金问、杨士奇、杨溥等辅助皇太子监国。朱高煦抓住这个机会“日夜谋嫡，复造飞语，动摇监国，并中伤黄淮等。”朱棣因此以“皇太子所遣使迎车驾缓，且奏书失辞”，说：此辅导者之不职！遂徵左春坊大学士兼翰林院侍读黄淮等。”随后黄淮、杨溥、金问受到六部、都察院、大理寺、通政司等联合参奏下狱。

永乐十三年（1415年），朱棣改赵王朱高燧封国于彰德，又改汉王朱高煦封地为青州。朱高煦依然不愿离开京城之国，上疏称“愿留侍左右，不欲之国。”为此朱棣怀疑朱高煦的行动。朱高煦被迫前往山东之国后，怨气冲天，依然不知悔改。永乐十四年（1416年）十月朱高煦还南京，其不法之事被揭发，差点被贬为庶人，朱高炽哭泣为其求情，才得以幸免。永乐十五年（1417年）封国迁到乐安，朱高煦仍密谋夺嫡。朱髙炽多次写信规劝依然无效。但由于朱高煦被驱逐出了以京城为中心的明朝政治中心，其野心得到了有力的遏制。