明成祖朱棣的生母，有不同的争议，有人认为朱棣的生母就是马皇后，还有人认为朱棣生母身份比较低微。

马皇后所生

明成祖生母的异闻传出较晚，最早见于《南京太常寺志》，朱彝尊指出是天启三年（1623）所修，距朱棣出生已有二百六十余年。在此前的《明太祖实录》记载，马皇后生皇子五人，“长曰标，懿文太子，次樉，封秦王，次棡，封晋王，次今上，次橚，封周王”。皇女二人“宁国公主、安庆公主。”《明史·成祖本纪》因之，云：“文皇帝讳棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。”朱棣也自称是马皇后所生的嫡子，《燕王令旨》说：“顾予匪才，乃父皇太祖高皇帝亲子，后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，忝居众王之长”。建文帝朱允炆也曾说，朱棣是孝康皇帝朱标同母弟。朱希祖在《再驳明成祖生母为碽妃说》中认为，《南京太常寺志》中对于朱元璋众皇子的生母记载失实不可信，朱棣生母应为马皇后。

洪武二十二年（1389年），朝鲜使臣权近一行人途经北平，拜谒时为燕王的朱棣，写下《奉使录》，其中记载七月十八日为“先太后明忌”，朱棣到佛寺烧香，所谓“明忌”即逝去亲人的生日，根据《明太祖实录》记载，马皇后的生日即为七月十八日。

碽妃所生

《南京太常寺志》记载，朱棣生母为碽妃，孝陵神位的摆布为左一李淑妃，生太子朱标、秦王、晋王（根据史料，李淑妃不可能是太子朱标生母），右一位碽妃，生成祖朱棣。明末何乔远之《闽书》、谈迁之《国榷》、《国史异考》、李清之《三垣笔记》中都记载过，根据是明汪宗元撰《南京太常寺志》。近人傅斯年、吴晗等也皆主此说。

一些说法认为，碽妃为朱元璋后宫的高丽人，学者陈作霖写到:予幼时游南城大报恩寺，见正门内大殿封闭不开,问诸父老云:“此成祖生母碽妃殿也。妃本高丽人，生燕王，高后养以为子,遂赐妃死,有铁裙之刑，故永乐间建寺塔以报母恩。”《南京太常寺志》记载朱棣生母为碽妃,却并未说明她的来历。何乔远、谈迁、张岱、沈玄华、潘柽章都是据此记载和亲验奉先殿陈设加以转述,只有朱彝尊称之为“高丽碽妃”,说是出自《枣林杂俎》，但《枣林杂俎》并无此说，当是朱彝尊的误记，陈作霖听到的传闻也来源于此，也就失去了依据。

上世纪三十年代，围绕着“明成祖生母是谁”，展开了以傅斯年、吴晗、李晋华为一方，而以朱希祖为另一方的大论战。朱希祖在《再驳明成祖生母为碽妃说》中引述了现存雨花台的《宣武将军佥广武卫指挥使司事赠骠骑将军佥都督府事李公神道碑铭》：

“公讳杰，字茂实，世居寿州霍邱县之寿安乡。丙申之岁，渡江来属，上（指朱元璋）悦，使隶大将军（指徐达）麾下，洪武元年（1368年），诏大将军入中原，山东西河南北州郡相继而下，独所谓孔山寨者，贼恃险以抗我，公奋然先驱，与内贼接战，而贼众大合，援不及继，公遂死焉，时冬十有二月乙亥也。享年三十有八。洪武二年八月庚午，葬于京城南聚宝山（即今雨花台）之阳。公聚茆氏，封太夫人。子，男二人，长即都督公也，次即指挥使也；女一人，今为皇淑妃。洪武三十一年夏五月二十日立。”此时朱棣尚未登基，因此，应该说此神道碑铭是绝对真实的。

朱希祖根据碑文判断，至正十五年，太子朱标出生，李淑妃之父李杰时年二十五岁，从年龄差距上来看，李淑妃此时最多也不过十岁，不可能已经生下朱标，足证天启《南京太常寺志》中“李淑妃生懿文太子、秦晋二王之说”实属无稽之谈。自然，《南京太常寺志》　中所载：“右碽妃，生成祖文皇帝”之说，也就要打上一个大大的问号了。

元顺帝妃洪吉喇氏说

明王世懋著《窥天外乘》记：“成祖皇帝为高皇后第四子甚明，而野史尚谓是元主妃所生。”清萨囊彻辰撰《蒙古源流》则说朱棣是元主妃弘吉喇氏所生，为元顺帝遗腹子：“先是，蒙古托兖特穆尔乌哈噶图汗（元顺帝）岁次戊申，汉人朱葛诺延年二十五岁，袭取大都城，即汗位，称为大明朱洪武汗。其乌哈噶呼图汗之第三福晋系洪吉喇特托克托太女，名格呼勒德哈屯，怀孕七月，洪武汗纳之。越三月，是岁戊申生一男。”刘献廷在《广阳杂记》中说：“明成祖非马后子也。其母翁氏，蒙古人，以其为元顺帝之妃，故隐其事，宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯。有司礼太监为彭恭庵言之。余少每闻燕主故老为此说，今始信焉。“

据学者考证，此种说法应为无稽之谈，关于“朱棣是否是元顺帝之子”的问题学界已有定论。傅斯年、朱希祖、吴晗均有专文论及，他们一致认为朱棣不可能是弘吉剌氏所生。根据《明太祖实录》、《国榷》等文献的记载，朱棣生于元至正二十年，朱元璋攻取大都在洪武初年（1368年），这时朱棣已经九岁了。洪武二年六、七月克开平（《明史·常遇春传》），三年五月陷应昌（《明史·李文忠传》）,确有掳获元室成员的事，如有后妃几个月后生子，已与朱棣生年相差十年,所以朱棣生于元顺帝妃之说绝不可靠。