1264年11月16日，南宋第五位皇帝 宋理宗 赵昀在临安去世。宋亡后，元朝藏传佛教僧人杨琏真伽盗掘南宋六陵，见宋理宗尸身完好，将尸体倒挂在树上三天流出水银，又将理宗头盖骨制成藏传佛教的法器——“骷髅碗”奉给帝师八思巴。

明太祖朱元璋得知此事，“叹息久之”，等朱元璋攻占大都后，派人找回了理宗的头颅，洪武二年以帝王礼葬于应天府（南京），次年又将理宗的头骨归葬到绍兴永穆陵旧址。

骷髅碗也称人头器，是藏传佛教常用法器之一。它是密宗修法者举行灌顶仪式时，在灌顶壶内盛圣水，头器内盛酒，师傅将圣水洒在修行者头上，并让其喝酒，然后授予密法。灌顶的意义是使修行者聪明和冲却一切污秽。也有人说是使人断我执。

按照藏传佛教的“灵魂转世”、“六道轮回”学说，灵魂是流转的，而身体则是物质的、生灭的。 一旦灵魂由于人的死亡而离开了身体，肉身则形同于石块、没有生命的物质。所以密宗认为，对它的使用是种解脱。

在元代，王室对藏传佛教格外偏爱。据说藏僧杨琏真伽盗掘南宋帝后卿相陵寝一百多座。

在明朝，宪宗开始，藏僧受到皇帝的宠信；在北京的市民中间，有些人混入藏僧行列，掘墓发棺将头盖骨等制成骷髅碗具卖给藏僧供修法事之用。说明这段时期藏传佛教中使用骷髅碗已经成为代表性的行为。