戴笠在1946年3月17日的空难中殒命之时，内战尚未开打。各种缭绕戴笠猝然死亡之上的猜测，是其人生前之谜的余绪。戴笠这一死，军统局即四分五裂，他留下的“家业”短时间内十去七八，则是早有预兆。

1945年国民党八大，一度传出要推举戴笠为“国务委员”，他予以坚辞。他在当年的军统大会上讲话，总的意思是虽时人常将自己比作“希姆莱”，但他自知军统的“房子很大，柱头很小”，其在战时的亟速扩张是应时代之需。若二战以盟国胜利而告终，对军统局本身却不见得是个好消息。

他属下的重要机关中美合作所、“忠义救国军”等20万众，因不再有协助盟军在太平洋作战之需，必然要另寻出路。战时他插手的交通、警察、缉私等公开部门，又免不了新一轮的权力洗牌。

在经济领域，戴笠曾搭档宋子文负责全国缉私，单单查抄鸦片的收入每年愈亿。财长孔祥熙早年吃了他的亏，一直怀恨在心，“生平最恨捏造是非，蒙上欺下之宵小”。

在军事领域，戴笠把“耳目”派驻到每一个前线战斗单位，在军队中素有积怨。《军情战报》显示，在1938年的长沙大火后，戴笠曾致电蒋中正，说“长沙火灾损害巨大张治中办事不力”；又因“属下援女求欢”一事打过顾祝同的小报告，并明电胡宗南，“第三战区战事失败全因生活优裕军纪涣散致无斗志”，引起了军事委员会诸多高层将领的不满。

蒋介石的得意门生陈诚（时任军政部部长）在日军投降后，成为力主撤销“忠义救国军”的动议者。时在上海前线主持甄别伪特务工作的戴笠，不得不仓惶奔回重庆，“面向陈辞公（陈诚）有所陈述”，劝其“应集中力量经营北方（军事），方能分校长之忧”。如今解密的《忠义救国军》中，载有1945年10月“戴笠电王耀武拟向陈诚陈述军政部主张撤销忠救军一事”。“‘忍耐’是我们工作的总答案。”这是戴笠在1945年军统四一大会上的讲话。这也是那个时期，戴笠对属下警策最多的一句话。

如何保住一手创下的家业？据沈醉在回忆录中记述，戴笠曾向他夸口：“如果让我兼任海军总司令，我早想好了，你就给我兼任个副官长，怎么样？”

这个听来空穴来风的念头，在台湾“国史馆”现今披露的档案中得到了证实。早在1942年草拟的中美合作所方案，就包含了美方在战后援建中国海军的条款。戴笠特批“此款须另案实施”。

战时三次亲自陪同梅勒斯考察东南沿海情况，戴笠已将目光投向了战后的安身立命之所。若如其所愿，戴笠成为国民党海军司令，他的“忠义救国军”摇身一变成为海军陆战队，又有何不可能呢？

然而戴笠的猝然殒命，让这一切付诸东流。他死后不出一月，军统局最庞大的单位“忠义救国军”就在杜聿明、陈诚等将领的一再催逼下，整编成了交警总队。军统“三巨头”之一的唐纵脱离军统，自领全国警察总署。唯余“中美合作所”种种耸人听闻的传说，像尸骨上的小鬼，至今袭扰戴笠倒塌的坟头。