神宗万历十二年（1584年），利玛窦到达广州，自制《万国图志》。万历二十九年（1601年），利玛窦到京师献图，深受明神宗喜爱。

万历三十年（1602年），太仆寺少卿李之藻出资刊行，曰《坤舆万国全图》。万历三十六年（1608年），明神宗下诏摹绘12份，传于现世，原本可能随葬明定陵。《坤舆万国全图》原为六幅，后来装裱为一幅。

目前已发现的《坤舆万国全图》原刻本有6幅，其中保存状况较好的有2幅，这两幅现藏于梵蒂冈宗座图书馆，和美国明尼苏达大学的James Ford Bell图书馆。剩余4幅现藏于日本京都大学、日本宫城县图书馆、日本内阁图书馆和法国巴黎的私人收藏中。

目前中国没有《坤舆万国全图》原刻本的收藏。中国国内现存最早的、也是唯一的，据刻本摹绘的彩色《坤舆万国全图》现藏于南京博物院。