明宣宗保留了原来的政府结构，但是他在政治制度方面和行政实践中作了某些变动。这在内阁作用的改变和宦官参与行使行政权方面表现得很明显。

自朱棣在位时起，人们所称的内阁原来是一个谘询机构，这时开始行使更大的行政和审议实权。三杨、金幼孜、黄淮分别在内阁中重新任职。他们不但官居一品，具有特殊的宫廷官衔，而且在外廷兼任尚书。例如，杨士奇保留了兵部尚书的官衔，黄淮和金幼孜分别保留户部尚书和礼部尚书的头衔。

他们都得到明宣宗的尊敬和信任，这不但是因为他们曾是明宣宗的师傅，而且他们还是永乐时期的有功之臣。他们由像吏部尚书蹇义和户部尚书夏原吉等官员协助工作，夏原吉虽不是内阁成员，却能参与决策。但除了这些人外，在明宣宗时期内阁很少进入新的官员。

内阁的突出地位还因新的行政程序而得到加强：定期上朝觐见以讨论较为迫切的国家政事。遵循明仁宗的先例，明宣宗要他们直接呈递密封的奏议以及时确定适当的行动施政方针。此外，明宣宗采用了条旨或票拟这种正规的办事程序，程序规定大学士们审议官员呈递的奏议，并提出适当答复贴在每道草拟的诏令上以供御批。明宣宗一般采纳他们的建议，并将诏令分送给主管的部去贯彻；明宣宗并不再召内阁大臣们进行复议，除非主要内容出现了争议。这样，内阁就成了皇帝明宣宗和六部之间的桥梁，与以往相比，更成了决策的力量。