1368年（洪武元年）正月，朱元璋登基于应天府（今南京），国号大明，建元洪武，册立马氏为皇后。

马皇后有五子，其中朱橚最为年幼，性格放荡不羁，长大后被封到开封做周定王。马皇后对他极不放心，周定王临行时，便派江贵妃随往监督，还把自己身上的旧布衣脱下来交给江贵妃，并赐木杖一根嘱咐：“周定王有过错，可以披衣杖责。如敢违抗，驰报朝廷。”从此一见着慈母的旧布衣，周王便生出敬畏之情，不敢胡作非为。以严为爱是马皇后对待子女的原则。对宁国公主、安庆公主，马皇后也要求她们勤劳俭朴，不能无功受禄。而对待朱元璋的义子沐英、李文忠等，她慈爱有加，细心照顾视为己出。

诸王的师傅李希颜因一小王顽皮不听话，常用体罚惩治。一天，李希颜用笔管戳了一下一个小王的额角，小王便哭着到朱元璋处诉苦。元璋大怒，正要发作，马皇后急忙从旁劝解说：“乌有以圣人之道训吾子，顾怒之耶！”朱元璋觉得有理，不但没有惩办希颜，反而提升他做左春坊右赞善。