马皇后虽贵为皇后，每天仍亲自操办朱元璋的膳食，连皇子皇孙的饭食穿戴，她也亲自过问，无微不至。宫人或被幸得孕，马皇后倍加体恤，嫔妃或忤上意，马皇后则设法从中调停。

马皇后在内宫的治理工作上“讲求古训”，并注意借鉴前朝的经验。她觉得宋朝有许多贤惠的皇后，便命女史摘录她们的家法，经常翻阅查看。有人说，宋朝的皇后太过仁厚了吧？马皇后反问道：“过于仁厚，难道不比刻薄更好吗？”有一天，皇后问女史：“黄老之学是什么，汉朝的窦太后却非常地喜欢？”女史说：“黄老之学把清静无为作为根本。像弃绝仁义，让老百姓注重孝顺友爱，这就是它的教义。”马皇后说：“孝顺友爱就是仁义，难道有让人弃绝仁义却去讲究孝顺友爱的吗？”

马皇后也设法保护宫女，朱元璋曾经非常生气地责备宫人，马皇后也假装生气，让人送到宫正司定罪。朱元璋说：“为什么？”马皇后说：“作帝王的不因喜怒而随意的赏罚。当您生气的时候，恐怕有所偏重。交付到宫正司，就能判定的比较合理了。也就是说陛下您定人罪也应该交付到有关的部门罢了。”

马皇后勤俭持家、以身作则，平常穿的衣服，洗了又洗，早已破旧不堪，也不愿换新的。后来听了元世祖的察必皇后煮弓弦织帛衣的故事，大受启发。就命人在后宫架起织布机，亲自织些绸衣料、缎被面什么的，然后以皇家献爱心的名义赐给那些年纪大的孤寡老人。而剩余的布料，马皇后则裁成衣裳，赐给王妃公主，并解释说：”你们生长在富贵家庭，不知纺织的难处，要爱惜财物。“